نقلا عن مصادر طبية إسرائيلية، في المستشفيات ونجمة داوود الحمراء، تم نقل 18 جريحا من سفن الأسطول إلى المستشفيات الإسرائيلي،
منهم ستة جنود إسرائيليين، و 12 مدنيا من المتضامنين. وسبق للجيش الإسرائيلي أن أعلن عن إصابة عشرة جنود بالعملية، تراوحت جراحهم بين طفيفة ومتوسطة.
وذكر الناطق بلسان الجيش إن هذه الإصابات ناجمة عن مقاومة من قبل المتضامنين، وانه "تم العثور بحوزة اثنين من المتضامنين على مسدسين".
 نقلوا  المصابون بواسطة المروحيات التابعة للجيش الاسرائيلي ، وفي هذه الاثناء يتلقون العلاج اللازم .